Su etapa como entrenador comenzó en 2015 al frente de Rosario Central. En su primera temporada, el equipo finalizó tercero en el torneo de Primera División y alcanzó la final de la Copa Argentina, donde cayó ante Boca en un partido atravesado por la polémica. Un año más tarde, el conjunto rosarino llegó hasta los cuartos de final de la Copa Libertadores y quedó eliminado frente a Atlético Nacional, que luego se consagraría campeón.
Tras dejar el club de Arroyito y un breve paso por Tijuana de México, regresó al país en 2018 para dirigir a Racing. En Avellaneda logró consolidar un equipo competitivo que conquistó la Superliga 2018/19 y el Trofeo de Campeones 2019. No obstante, también sufrió eliminaciones tempranas en Copa Argentina y derrotas resonantes en el plano internacional.
Su estadística en el fútbol argentino
Rosario Central
Racing Club
Actualmente se encuentra al frente del Alavés de España, situación que podría convertirse en un obstáculo si avanzan las negociaciones para su llegada a Núñez.